Существует ли популярная система контроля версий которая отслеживает изменения не в файлах, а в структоре кода?

Да, идеи систем контроля версий на уровне структуры кода существуют, но “популярной замены Git, которая полноценно версионирует AST вместо файлов” в массовой разработке сейчас фактически нет. Основная причина простая: код хранится и собирается как текстовые файлы, а AST зависит от языка, версии парсера, макросов, препроцессоров и контекста проекта.

Есть несколько близких направлений:

• Semantic diff/merge - инструменты, которые показывают изменения по смыслу, но хранят проект всё равно в Git.
• Language-aware merge - умные merge-драйверы для конкретных языков.
• AST-based refactoring tools - IntelliJ, Roslyn, Spoon, jscodeshift, но это не VCS.
• Структурные редакторы и research-системы, где код хранится как дерево, но они не стали стандартом индустрии.

На практике используют Git плюс инструменты поверх него. Например, для анализа структурных изменений:

Java: GumTree, Spoon
C#: Roslyn
JavaScript/TypeScript: ts-morph, Babel AST
Python: ast, LibCST
Go: go/ast

Для code review можно добавлять semantic diff, но исходником правды остаётся Git-репозиторий. Это важно: Git работает одинаково для PHP, JS, картинок, SQL, markdown, конфигов и бинарников. AST-подход пришлось бы реализовывать отдельно под каждый язык.

Если ваша задача - лучше понимать изменения в коде, а не заменить Git, рабочий путь такой:

• Оставить Git как систему контроля версий.
• Добавить линтер/форматтер, чтобы уменьшить шум в diff.
• Использовать semantic diff для нужного языка.
• Для массовых изменений применять AST codemod-инструменты.

Если же нужна именно VCS, которая хранит дерево кода как первичную модель, это скорее область исследовательских IDE и специализированных сред, а не популярный production-инструмент. Для реального проекта Git остаётся базой.